Das Stiftsmuseum Millstatt dokumentiert die Geschichte des Ortes und seiner Umgebung von der frühesten Siedlungstätigkeit in diesem Raum (Jungsteinzeit) bis zum Ende der Jesuitenherrschaft im Jahre 1773. Zugleich soll auch die kulturelle Bedeutung des Ortes präsentiert werden, der in allen Bereichen der Kunst auf Werke von überregionaler Bedeutung verweisen kann. Soweit als möglich sind in die Präsentation originale Zeugnisse der Geschichte und Kunst integriert, ansonsten durch Photos, Kopien und Faksimilia, sowie Zeichnungen und Pläne dokumentiert. Viele der noch erhaltenen Kunstwerke sind in alle Welt zerstreut, andere wie Handschriften und Archivalien sind der Öffentlichkeit nicht oder nur in sehr begrenztem Rahmen zugänglich, sodass Faksimilia und Kopien die einzige Möglichkeit einer Präsentation bilden.

Aus der Jungsteinzeit wird eine Wohnmulde (um 2.500 v. Chr.) mit ihren Funden aus dem Bereich von Lammersdorf dokumentiert, aus der Bronze- und Eisenzeit sind verschiedene Waffen und Geräte sowie ein Urnenkrug erhalten. Die einzelnen Fundorte können anhand von Landkarten lokalisiert werden. Gleiches gilt auch für die römische und frühchristliche Periode. Letztere ist durch eine umfangreiche Dokumentation der frühchristlichen Kirche von Laubendorf vertreten, in deren Mittelpunkt ein liturgischer Becher aus dem 5. Jht. steht, den man als "ältesten Kelch Österreichs" bezeichnen kann. Die Besiedelung zur Zeit des Römischen Reiches wird durch einen Opferaltar zu Ehren einer Wassergottheit, einen Meilenstein, einen Sarkophag, einen Grabtitulus aus dem 1. Jht. v.Chr., der in der frühchristl. Kirche zu Laubendorf eine Zweitverwendung erfuhr, sowie durch zahlreiche weitere Fragmente dokumentiert.

Für das Frühmittelalter (karolingische Zeit) liegt der Schwerpunkt auf der Dokumentation der wehrhaften Siedlung am Hochgosch Bergrücken südl. des Millstättersees), die viele Übereinstimmungen mit einer Anlage in Thunau bei Gars am Kamp erkennen läßt, die von einem slawischen Edlen bewohnt wurde. In diese Zeit fällt auch das Wirken des Domitian von Millstatt, dessen Vita um 117o aufgezeichnet wurde. Ein Fragment der ursprünglichen Grabinschrift aus dem 9. Jht. ist im Museum zu sehen. Domitian war ein slawischer Edler, der in Salzburg getauft wurde und dann unter Kaiser Karl d. Gr. sein Volk zum Christentum bekehrte. In einem eigenen Raum des Museums wird seine Verehrung, angefangen von den frühesten schriftlichen Quellen aus dem 12. Jht. bis zu den Bemühungen um eine römische Kultanerkennung im Jahre 1762 anhand von Originalen, Faksimilia und Photos aufgezeigt. Neben dem schon erwähnten Fragment der Grabinschrift ist der romanische Reliquienschrein des Heiligen aus der Zeit um 1140, einem der frühesten Zeugnisse romanischer Reliquienschreine überhaupt, sowie die älteste Aufzeichnung der Vita des Heiligen aus der Mitte des 14. Jhts. von besonderer Bedeutung.

Für Millstatt erlangte die Gründung des Benediktinerklosters um 1070 durch die bayerischen Pfalzgrafen Aribo und Poto eine besondere Bedeutung: Millstatt ist in Österreich eines der bedeutendsten Denkmäler romanischer Architektur und Bauplastik. Das Stiftsmuseum dokumentiert anhand von Farbphotos und Faksimilia das Skriptorium des Klosters, das eine überregionale Bedeutung besaß. Ausgestellt sind Faksimilia einzelner Seiten von sogenannten "Riesenbibeln" aus dem 11. Jht., der "Millstätter Handschrift", einer Sammelhandschrift mit frühmittelhochdeutschen Texten (Genesis, Exodus, Physiologus u.a. Werke), sowie Blätter des Millstätter Sakramentars, des Millstätter Evangeliars sowie des Millstätter Psalters. Ein Tafelbild der Hl. Katharina aus der Mitte des 15. Jhts. besitzt eine hohe künstlerische Qualität. Dokumentiert werden auch Fragmente von zwei Handschriften, die in Einbänden von Büchern aus der Millstätter Bibliothek gefunden wurden: Fragmente des Nibelungenliedes aus der Mitte des 13. Jhts, und Fragmente des Heliandliedes aus der 2. Hälfte des 9. Jhts.

1469 wurde das Benediktinerkloster dem von Kaiser Friedrich III. errichteten St. Georgs-Ritterorden als Hauptresidenz übergeben, der die drohende Türkengefahr abwehren sollte. Zahlreiche Photos und Faksimilia verweisen auf die Besitzungen und die Bedeutung dieses Ordens unter Kaiser Friedrich III. und seinem Sohn Maximilian I., der zugunsten des Ordens zahlreiche Kunstwerke in Auftrag gab. Das bedeutendste ist das Gebetbuch Kaiser Maximilians mit Federzeichnungen von Dürer, Altdorfer und anderen bedeutenden Künstlern aus dem Umkreis des Kaisers. Das Original befindet sich in der Bayerischen Staatsbibliothek in München und ist der Öffentlichkeit nicht zugänglich. Im Stiftsmuseum sind mehrere Farbphotos und Faksimilia mit Zeichnungen Dürers ausgestellt.

Aus der Zeit um 1474 stammt die von Andrea Mantegna entworfene Hochzeitstruhe der Paola Gonzaga, die in einem eigenen Raum präsentiert wird. Von den ursprünglichen vier Truhen, die Graf Leonhard von Görz nach dem Tode seiner Frau Paola Gonzaga 1495 dem St. Georgs-Ritterorden zu Millstatt schenkte, befinden sich zwei mit Elfenbeinreliefs geschmückte Truhen im Grazer Dom, eine weitere ging zugrunde. Die zu dieser und der in Millstatt befindlichen Truhe dazugehörenden, von Mantegna entworfenen Reliefs, befinden sich im Landesmuseum Kärnten. Diese Reliefs wie auch die der Grazer Truhen und das künstlerische Umfeld in den Werken Mantegnas werden durch Farbphotos präsentiert.

Aus der Zeit der Georgsritter stammt auch ein Kerkerraum mit Kritzelinschriften von Gefangenen, bei denen es sich vermutlich um Anhänger des Jakob Hutter handelte, der Gemeinschaften nach dem Vorbild des Urchristentums begründete. Sie vertraten die Erwachsenentaufe und lehnten jede Hierarchie, kirchliche wie weltliche als im Widerspruch zur Botschaft Jesu ab. Sie wurden deshalb blutigst verfolgt. Der Millstätter Kerker ist das einzige Zeugnis, das diese Verfolgung noch bezeugt. Am berührendsten ist die folgende Kritzelinschrift. "Sag nit alles, das du weist - Glaub nit alles, das du hörst - Richt nit alles, das du siehst - Tue nit alles, das du magst".

1598 wurde der Ritterorden aufgehoben und Millstatt mit seinen Besitzungen den Jesuiten als wirtschaftliche Basis für deren Universität und Kolleg in Graz übergeben. Besondere Kostbarkeiten aus dieser Zeit sind ein Prunkkelch mit Email-Medaillons sowie ein reich besticktes Meßkleid.

Eine eigene Abteilung des Museums präsentiert die Mineralien und die Erzvorkommen des Kärntner Oberlandes, an deren Ausbeutung Millstatt beteiligt war. In Schaukästen werden alle in Oberkärnten vorkommenden Mineralien und Erze präsentiert, u. a. auch Mineralien, die österreichische und europäische Erstfunde bilden. Zahlreiche Bergwerkskarten aus dem 18. und 19. Jahrhundert sowie Archivalien zum Bergbau des Millstätter Klosters ergänzen die Ausstellung.